史弥远此时任礼部侍郎兼资善堂翊善，他与韩侂胄长期不和，欲除之而后快。宫里的杨皇后为了能使自己欣赏的皇子将来顺利登基，也早想诛灭韩侂胄，于是两人一拍即合。很快，史弥远又联络了几个朝臣一起密谈，商讨实施计划。先由杨皇后假造圣旨，写出“令韩侂胄免职与闲官，即日出国门”的密诏，然后史弥远以密诏命宫禁卫队实施。开禧三年（1207）十一月二日，当韩侂胄上朝经过六部桥时，埋伏在这里的宫禁卫队一拥而上，将毫无防备的韩侂胄擒获，然后把他抬到玉津园的夹墙内，一名武将正等在这里，看到韩侂胄来了，上前一锤就结束了他的性命。
因为诛杀韩侂胄有功，史弥远升任右丞相兼枢密使，以他为代表参与和金国的谈判。金国不仅提出增加战争赔款的要求，还坚持要韩侂胄的人头。史弥远不顾国体，答应了金国的要求，将韩侂胄的人头献给了敌国。
嘉定元年（1208），史弥远迁知枢密院事，进奉化郡侯，兼参知政事，拜右丞相，从此大权独揽。
史弥远等组织诛杀韩侂胄的一帮人进入了政权中心，皇子赵询也在杨皇后的支持下被立为太子。史弥远非常善于耍弄政治手腕，将一个个政敌轻松地除掉，自己则迅速被提升。宁宗这个人本来懦弱无能，韩侂胄专权时朝政都交给了韩侂胄，韩侂胄死了以后，他又急切地需要一个强有力的人来主持朝政，于是，史弥远拥有的权力越来越大，很快就超过了原来的韩侂胄，他不仅掌握了相权，还掌握着全国的军权，这个时候，他的政治手芙蓉锦鸡图轴腕耍得就更加纯熟了。他常常称病在家，但朝中的大事都必须由他决定，很多人为了求官都纷纷到他府中送礼。史弥远在政治方面虽然少有作为，不过他对韩侂胄执政时指理学为伪学、罢黜理学家的做法加以纠正，还赠给朱熹等人官职，召林大中、楼钥等故老十五人入朝，受到朝野的好评。