马端临的唯物观点，反映在他对待异常的社会现象和自然现象的解释方面，也是很突出的。他在列举前人关于妖祥的说法后，以事实反驳说：“妖祥之说，固未易言也。”譬如：通常认为“治世”则凤凰见，故有虞之时，有来仪之祥；然汉桓帝元嘉之初、汉灵帝光和之际，凤凰亦屡见，而桓、灵并非“治世”之时。通常认为“诛杀过当，其应为恒寒”，故秦始皇时有四月雨雪之异；然汉文帝四年也出现六月雨雪，而汉文帝并非“淫刑之主”。他如斩蛇、夜哭，在秦则为妖，在汉则为祥；僵树、虫文，在汉昭帝则为妖，在汉宣帝则为祥，等等。于是马端临认为：
前史于此不得其说，于是穿凿附会，强求证应而冞有所不通。窃尝以为，物之反常者，异也。……妖祥不同，然皆反常而罕见者，均谓之异，可也。故今取历代史五行志所书，并旁搜诸史本纪及传记中所载祥瑞，随其朋类，附入各门，不曰妖，不曰祥，而总名之曰“物异”。
《文献通考·物异考》就是按这个思想编纂的。用“反常”、“罕见”谓之“异”来代替唯心主义的妖祥说，这是继承了古代史学里的唯物思想传统，并提出了具有独到见解的表述形式，从而进一步揭去了笼罩在社会历史上的神秘外衣，这是马端临唯物思想中很可贵的地方。