10月31日，两宫太后和小皇帝一行抵达京郊，奕出城迎接。胜保乘机上奏，明确提出“非皇太后亲理万机，召见群臣，无以通下情而正国体；非另简近支亲王佐理庶务，尽心匡弼，不足以振纲纪而顺人心”。11月2日，慈禧太后和恭亲王奕等向群臣宣示了诛除肃顺等人的“上谕”。内称：“上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王、大臣等筹画乖方所致。载垣等复不能尽心和议，徒以诱惑英国使臣以塞己责，以致失信于各国。淀园被扰，我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也。嗣经总理各国事务衙门王大臣等将各国应办事宜妥为经理，都城内外安谧如常。皇考屡召王大臣议回銮之旨，而载垣、端华、肃顺朋比为奸，总以外国情形反复，力排众议。皇考宵旰焦劳，更兼口外严寒，以致圣体违和，竟于本年七月十七日龙驭上宾。……追思载垣等人从前蒙蔽之罪，非朕一人痛恨，实天下臣民所痛恨者也。……载垣、端华、肃顺著即解任，景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛著退出军机处。派恭亲王会同大学士、六部、九卿，翰、詹、科、道将伊等应得之咎，分别轻重，按律秉公具奏。至皇太后应如何垂帘之仪，著一并会议具奏。”已在京城的载垣、端华和刚刚走到京郊密云的肃顺都被迅速逮捕。