而此时的北京城，最引人注目的话题，正是这个山阳凶案。奉皇帝亲笔谕令，军机处派出三名军机大臣会同刑部，审讯从各地押调进京的有关案犯及人证。王伸汉自知不管说不说实话，自己看来都免不了一死，所以横下一条心来，一口咬定李毓昌是自缢。及至会审大臣拿出李毓昌的骨殖来揭穿他的谎言后，王伸汉又干脆一问三不知，把事情推了个一干二净。包祥、李祥和顾祥等，也是守口如瓶，尽管他们知道事情已经败露了，但谁也不肯说出实话来。
幸亏主审的那位军机大臣目光敏锐，他看出在所有人犯当中，那马连升是个最胆小的人，于是就决定从马连升这里突破。一连五个通宵，连审带吓，连摆证据带拉拢劝慰，总算撬开了马连升的嘴。马连升把谋杀李毓昌的经过原原本本地供了出来。审讯官员见他所说的与验尸结果完全一致，就以这个供词为依据，分头对王伸汉等人加紧追问。在人证物证面前，几个罪大恶极的凶犯不得不投降了，分别招供了自己的所作所为。几个人的口供碰在一起，连细节都十分吻合。刑部觉得这个案子头绪已经清楚了，就将审理结果具折报给了嘉庆皇帝。