6月26日，中央政治局与共产国际代表团召开联席会议，陈独秀在会上提出共产党退出国民党的建议，遭到共产国际代表的一致反对。6月30日，瞿秋白起草了主张全面退却的国共两党关系十一条，为维持国共两党合作关系，特地向国民党做出十一条保证。
在此情况下，陈独秀对共产国际已不抱希望，知自己无力挽回时局，于7月5日辞去中共中央总书记职务。而陈独秀的下台，为瞿秋白主持中央工作提供了机遇。
四、短暂的主持中央工作生涯
1927年6月17日，武汉政府正式向鲍罗廷提交了解聘书，鲍罗廷知道国共合作大势已去，但直到7月上旬共产国际决定破裂与武汉政府关系，鲍罗廷才开始安排撤退。
7月13日，瞿秋白陪同鲍罗廷离开武汉，前往江西庐山联络张发奎。当时，共产党军事力量仅有叶挺的一个师和周士第的独立团，他们都属于张发奎的第四军。而鲍罗廷与张发奎私交甚好，他将扭转败局的希望寄托在张发奎身上。
就在鲍罗廷与瞿秋白在庐山密商国共分裂后撤退方案之时，7月15日，武汉汪精卫政府开始了分共、限共。在此情况下，改组中央已经迫在眉睫。返回武汉后，瞿秋白立刻找到张国焘，向他说明鲍罗廷对改组中共中央的的提议：